Ritrovamenti archeologici, che in parte siamo onorati di custodire nel nostro Museo plebano, ci lasciano comprendere che la vallata e le pendici dei monti che ci circondano (e comprendiamo anche il Malcantone) furono abitati già nella preistoria, con presenza ligure. A questa civiltà si sovrappose il popolo celtico, con palesi influssi etruschi. La regione, come tutta la zona prealpina, passò poi nell'età di Cesare sotto l'influsso romano.

Gli storici moderni ritengono che tutto il territorio a nord della Tresa e la valle del Vedeggio siano attribuiti alla pertica di Milano così che la città potesse sempre disporre di una via diretta che partendo dalla Valle Olona, in Italia, portasse a Bellinzona e ai passi dell'alto Ticino e del Moesano. Via senz’altro strategica tanto in ambito militare quanto in ambito commerciale  e della quale in molti avranno già sentito parlare: la Strada Regina. Strada che che fin dall'alto medioevo collegava Magadino con Ponte Tresa attraverso il Monte Ceneri e la Valle del Vedeggio e strada che ancora oggi, per quanto non sul percorso originale (che ricordiamo è però in molti tratti ancora percorribile), è via di comunicazione di grande uso, affluenza e utilità.

Al V secolo risale la probabile cristianizzazione della regione; la plebana venne eretta nel nostro paese, con il titolo di San Giovanni Battista, cui venne aggiunto, nel secolo XII, San Provino quale compatrono.

Tra il medioevo, età moderna ed età contemporanea Agno appartenne dapprima al Vescovo e ai Signori di Como, poi al Ducato di Milano, quindi ai Cantoni svizzeri; infine, tra la fine del XVIII e l’inizio del XIX secolo, quando le terre ticinesi prima con la Repubblica Elvetica e poi con la rinnovata Confederazione conseguirono la propria autonomia, Agno, come gli altri comuni politici della regione, cominciò a prendere parte alla vita del Canton Ticino.

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